| Τίτλος Μαθήματος | Κωδικός | Περιεχόμενο Μαθήματος | Διαλέξεις 2013-2014 |
|---|---|---|---|
| Ερευνητική Μεθοδολογία | Εισαγωγή στην ερευνητική μεθοδολογία για τις φυσικές επιστήμες. Βιβλιογραφική έρευνα. Συγγραφή επιστημονικών εργασιών και διατριβών. Σχεδιασμός πειραμάτων. Διαχείριση δεδομένων και στατιστική ανάλυση. Συγγραφή ερευνητικής πρότασης. | Εισαγωγή στη φιλοσοφία της επιστήμης. Σύγχρονη θεώρηση της έρευνας στις φυσικές επιστήμες. To Επιστημονικό Επίτευγμα ως «Παράδειγμα» κατά Th. Kuhn. Η Αλληλεπίδραση Επιστήμης - Έρευνας – Εκπαίδευσης. Η Επιστημονική Μέθοδος, Αποτίμηση των Σχέσεων μεταξύ Θεωρίας και Έρευνας. Από το Αποτέλεσμα και το Αιτιατό, στο Αίτιο και τη Συσχέτιση. Κατηγορίες Επιστημονικής Έρευνας. Εστίαση σε Ερευνητικό Θέμα από Αφηρημένη Επιστημονική Ιδέα. Ανάπτυξη Ερευνητικού Θέματος: Προετοιμασία και Σύνθεση. Σκοπός Πειράματος και Διαμόρφωση Υποθέσεων Εργασίας. Μεθοδολογία βιβλιογραφικής έρευνας. Προετοιμασία και τυπικές αρχές οργάνωσης και συγγραφής ερευνητικής πρότασης. Συλλογή δεδομένων στην επιστημονική έρευνα. Ανάλυση δεδομένων στην επιστημονική έρευνα. Συγγραφή εκθέσεων προόδου, επιστημονικών Εργασιών και Διατριβών.
Βιβλιογραφία Αραβανόπουλος ΦΑ 2011. Αρχές ερευνητικής μεθοδολογίας για τις επιστήμες των φυσικών πόρων. Επιστ. Επετ. Σχολής Δασολογίας & Φυσικού Περιβάλλοντος, ΑΠΘ 45: 1-15. Medawar, P, 1984. Plato's Republic, Oxford University Press, Oxford. Fawcett, J and FS Downs 1986. The Relationship of Theory and Research, Prentice-Hall, Connecticut. Kuhn, TS, 1981. A Function for Thought Experiments In: Hackning I (ed) Scientific Revolutions, Fair Lawn, New Jersey. Kuhn, TS, 1962. The Structure of Scientific Revolutions, Chicago. Lewontin, RC, 1974. The Analysis of Variance and the Analysis of Causes Am J Hum Genet 26: 400-411. Matthen, M and B Linsky (eds) 1988. Philosophy and Biology, University of Calgary Press, Calgary. Popper, K, 1972. The Logic of Scientific Discovery, Hutchinson, London. Sober, E and RC Lewontin 1986. Artifact, Cause and Genic Selection In: Sober, E, (ed) Conceptual Issues in Evolutionary Biology, MIT Press, Massachusetts. Anderson, VL and RA McLean 1974. Design of Experiments, Marcel Dekker, New York. Fisher, RA, 1966. The Design of Experiments, Hafner, New York. Madsen, D, 1983. Successful Dissertations and Theses, Jossey-Boss, San Francisco. |
|
| Ποσοτική Γενετική, Γενετική Πληθυσμών, Γονιδιωματική & Ειδική Βελτίωση | Ποσοτικός προσδιορισμός της γενετικής σύστασης των πληθυσμών, Δυνάμεις που μεταβάλλουν τις συχνότητες των αλληλομόρφων, Συστήματα Διασταυρώσεων και Ομομειξία, Αθροιστική Επίδραση των εξελικτικών δυνάμεων, Η φύση και η μελέτη των πολυγονιδιακών γνωρισμάτων, Πρότυπα φαινοτύπων γονέων και απογόνων, Γενετικές διακυμάνσεις και κληρονομικότητα, Γενετικές συσχετίσεις, Αλληλεπίδραση γενοτύπου περιβάλλοντος, Εκτίμηση των γενετικών παραμέτρων, Έμμεση επιλογή με γενετικούς δείκτες, Χαρτογράφηση QTL, Έννοιες της επιλογής QTL με γενετικούς δείκτες (MAS), Γονιδιωματική, Άμεση επιλογή που βασίζεται σε γονίδια που κωδικοποιούν, για γνωρίσματα στόχους, Γενετική Μηχανική, Βελτίωση για ταχυαυξή και καλλωπιστικά δασικά είδη, Βιοτικές - αβιοτικές καταπονήσεις και γενετική ανθεκτικότητα/Γενετική βελτίωση ποιότητας ξύλου | Ποσοτικός προσδιορισμός της γενετικής σύστασης των πληθυσμών, Δυνάμεις που μεταβάλλουν τις συχνότητες των αλληλομόρφων, Συστήματα Διασταυρώσεων και Ομομειξία, Αθροιστική Επίδραση των εξελικτικών δυνάμεων, Έμμεση επιλογή με γενετικούς δείκτες, Χαρτογράφηση QTL, Έννοιες της επιλογής QTL με γενετικούς δείκτες (MAS), Γονιδιωματική, Άμεση επιλογή που βασίζεται σε γονίδια που κωδικοποιούν, για γνωρίσματα στόχους, Βιοτικές - αβιοτικές καταπονήσεις και γενετική ανθεκτικότητα
Βιβλιογραφία Aravanopoulos FA 2018 (ed). Genetics and Genomics of Forest Trees, MDPI Press, Basel, Switzerland, pp. 332, ISBN 978-3-03897-298-3. Aravanopoulos FA, 2014. Genomics of Trees. In: Ramawat KG, Merillon JM, Ahuja MR (eds). Tree Biotechnology, CRC Press, Boca Raton, USA, 656 pp., ISBN 9781466597143, pp. 514-557. Aravanopoulos FA, 2001. Analysis of genetic linkage and genome mapping. In: Tsaftaris AS & AN Polidoros (eds). Genome Sequencing and Comparative Analysis, University Studio Press, Thessaloniki, pp. 9-26. |
|
| Προστασία Γενετικών Πόρων | Εισαγωγή στην Προστασία και διατήρηση Δασικών Γενετικών Πόρων, απειλές κατά της γενετικής ποικιλότητας, κλιματική αλλαγή, εισαγωγή στις στρατηγικές προστασίας in situ, ex-situ. Εξελικτική γενετική και προστασία δασικών γενετικών πόρων, η έννοια του είδους ως μονάδα προστασίας Προστασία ΔΓΠ ex situ. Συμβολή του βλαστικού πολλαπλασιασμού στην προστασία δασικών γενετικών πόρων ex situ. Ενδογενείς και εξωγενείς παράγοντες που επηρεάζουν τη ριζοβολία. Κλωνική Δασοπονία. Προστασία ΔΓΠ ex situ. Κρυοδιατήρηση γενετικών πόρων: Γενικά, Επιλογή και προετοιμασία φυτικού υλικού, Συμπεριφορά του κυττάρου σε χαμηλές θερμοκρασίες, Μεσοπρόθεσμη διατήρηση, Μακροπρόθεσμη διατήρηση, (Καλλιεργητικές προετοιμασίες , Εμποτισμός DMSO, κατάψυξη, επαναθέρμανση, επανακαλλιέργεια). Διεθνή κέντρα προστασίας φυτικού υλικού με κρυοδιατήρηση. Γενετική της διατήρησης - γενετική μικρών δασικών πληθυσμών: δραστικό μέγεθος πληθυσμού, δραστικός αριθμός αλληλομόρφων, λανθάνον γενετικό δυναμικό, ροή γονιδίων, σημασία οριακών πληθυσμών ύστερου άκρου εξάπλωσης, παραδείγματα από την Ελλάδα. Λόγοι που επιβάλουν την προστασία ΔΓΠ, ανθρωπογενείς επιδράσεις (κλιματική μεταβολή, δασοκομικοί χειρισμοί) στους ΔΓΠ, παραδείγματα από την Ελλάδα και τις μεσογειακές χώρες. Κατηγορίες προστασίας εντός και εκτός σταθμού, πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα κάθε προσέγγισης. Επιλογή ειδών/πληθυσμών για προστασία ΔΓΠ: κριτήρια-προτεραιότητες, κατηγορίες προστατευόμενων περιοχών και συνάφεια με την προστασία ΔΓΠ, μονάδες διατήρησης, γενετική βιοπαρακολούθηση, παραδείγματα στην Ελλάδα. Μεγέθη, αριθμός και θέση πληθυσμών στη Διατήρηση Γονιδίων, Επιδράσεις εφαρμογών της δασικής διαχείρισης και της Βελτίωσης στη Γενετική Ποικιλότητα. Διεθνείς δραστηριότητες προστασίας γενετικών δασικών πόρων. Συγκερασμός προστασίας ΔΓΠ και γενετικής βελτίωσης: το σύστημα βελτίωσης πολλαπλών πληθυσμών και η σημασία του στην προστασία ΔΓΠ, σχέδια προστασίας ΔΓΠ | Γενετική της διατήρησης - γενετική μικρών δασικών πληθυσμών: δραστικό μέγεθος πληθυσμού, δραστικός αριθμός αλληλομόρφων, λανθάνον γενετικό δυναμικό, ροή γονιδίων, σημασία οριακών πληθυσμών ύστερου άκρου εξάπλωσης, παραδείγματα από την Ελλάδα. Λόγοι που επιβάλουν την προστασία ΔΓΠ, ανθρωπογενείς επιδράσεις (κλιματική μεταβολή, δασοκομικοί χειρισμοί) στους ΔΓΠ, παραδείγματα από την Ελλάδα και τις μεσογειακές χώρες, Κατηγορίες προστασίας εντός και εκτός σταθμού, πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα κάθε προσέγγισης. Επιλογή ειδών/πληθυσμών για προστασία ΔΓΠ: κριτήρια-προτεραιότητες, κατηγορίες προστατευόμενων περιοχών και συνάφεια με την προστασία ΔΓΠ, μονάδες διατήρησης, γενετική βιοπαρακολούθηση, παραδείγματα στην Ελλάδα. Συγκερασμός προστασίας ΔΓΠ και γενετικής βελτίωσης: το σύστημα βελτίωσης πολλαπλών πληθυσμών και η σημασία του στην προστασία ΔΓΠ, σχέδια προστασίας ΔΓΠ.
Βιβλιογραφία Aravanopoulos FA, Ganopoulos I & A Tsaftaris 2015. Population and conservation genomics in forest and fruit trees. Advances in Botanical Research 74: 125-156. Fady B, Aravanopoulos FA, et al. 2016. Evolution-based approach needed for the conservation and silviculture of peripheral forest tree populations. Forest Ecology and Management 375: 66–75. Graudal L, Aravanopoulos FA, et al. 2014. Global to local genetic diversity indicators of evolutionary potential in tree species within and outside forests. Forest Ecology and Management 333: 35-51. |
|
| Ποσοτικές Μέθοδοι στη Βιοπαρακολούθηση Φυσικών Πόρων | Θεωρία βιοπαρακολούθησης, εφαρμογές στα επίπεδα βιοποικιλότητας, γονιδίων, ειδών, οικοσυστημάτων. Προχωρημένη βιοστατιστική / ποσοτική ανάλυση βιολογικών δεδομένων. Παραμετρική και μη παραμετρική ανάλυση βιολογικών δεδομένων. Μεθοδολογίες προσεγγίσεων ποσοτικής ανάλυσης, Βασικές προσεγγίσεις μεθοδολογιών γενετικής παρακολούθησης. Βασικές προσεγγίσεις ποσοτικών μεθοδολογιών παρακολούθησης ειδών και οικοσυστημάτων Μεθοδολογίες πολυμεταβλητής ανάλυσης. Βασική μεθοδολογία μελέτης και αξιολόγησης της ανάπαλσης οικοσυστημάτων - δείκτες. | Εισαγωγή στη βιοπαρακολούθηση δασικών οικοσυστημάτων και πληθυσμών. Ποσοτικές μέθοδοι βιοπαρακολούθησης οικοσυστημάτων. Έλεγχος κανονικότητας. Παραμετρική στατιστική. Γενικές και ειδικές εφαρμογές ανάλυσης διακύμανσης, σύγκριση τιμών. Μη παραμετρική στατιστική. Μη παραμετρικές στατιστικές δοκιμές. Ο μη παραμετρικός έλεγχος στις εφαρμοσμένες βιολογικές επιστήμες. Ανάλυση δυναμικής πληθυσμών, Πρότυπα αύξησης / ανάπτυξης πληθυσμών. Σχέση πυκνότητας και αύξησης πληθυσμών. Ανάλυση βιωσιμότητας πληθυσμών. Εφαρμοσμένες ποσοτικές μέθοδοι στη βιοπαρακολούθηση γονιδίων. Μέθοδοι γενετικής παρακολούθησης. Αναλυτική ποσοτική αξιολόγηση προτύπου οικολογίας γονιδίων. Παράμετροι γενετικής παρακολούθησης, δείκτες και επιβεβαιωτές, Ανάλυση δεδομένων και λογισμικά. Εφαρμοσμένες ποσοτικές μέθοδοι στη βιοπαρακολούθηση ειδών: υπόβαθρο ανάλυσης, λογισμικά CANOCO, TWINSPAΝ, κ.α. Εφαρμοσμένες ποσοτικές μέθοδοι στην βιοπαρακολούθηση οικοσυστημάτων: ανάλυση και διάκριση κύριων μεθοδολογιών (classification, ordination). Εισαγωγή στην πολυμεταβλητή στατιστική ανάλυση, παραδοχές. Εισαγωγή στις πολυμεταβλητές αναλύσεις: πολυμεταβλητή ανάλυση διακύμανσης, πολυμεταβλητή ανάλυση κύριων συνιστωσών, πολυμεταβλητή ανάλυση κύριων συντεταγμένων, canonical correspondence analysis, factorial analysis, discriminant analysis. Εφαρμογές πολυμεταβλητής ανάλυσης σε δεδομένα δασικών πόρων. Βιοπαρακολούθηση της ανάπαλσης δασικών οικοσυστημάτων, πρότυπα και δείκτες ανάπαλσης, ανάλυση δεδομένων, εφαρμογές. Βιβλιογραφία Aravanopoulos FA 2011. Genetic monitoring in natural perennial plant populations. Botany 89: 75-81. Aravanopoulos FA 2016. Conservation and monitoring of tree genetic resources in temperate forests. Current Forestry Reports 2: 119-129. Aravanopoulos, et al. 2015. Development of genetic monitoring methods for genetic conservation units of forest trees in Europe. European Forest Genetic Resources Programme (EUFORGEN), Bioversity International, Rome, Italy, 62 pp. Kavaliauskas D, Fussi B, Westergren M, Aravanopoulos FA, et al. 2018. The interplay between forest management practices, genetic monitoring and other long-term monitoring systems. Forests 9: 133; doi:10.3390/f9030133. Lewontin, RC, 1974. The Analysis of Variance and the Analysis of Causes Am J Hum Genet 26: 400-411. Anderson, VL and RA McLean 1974. Design of Experiments, Marcel Dekker, New York. Dunn, G. and Everitt, B.S. 1982. An introduction to mathematical taxonomy. Cambridge Studies in Mathematical Biology, Cambridge. Marriot, F.C.H., 1974. The interpretation of multiple observations. Academic Press. London. Pimentel, R.A., 1979. Morphometrics: The multivariate analysis of biological data. Kendell/Hunt Publ. Comp., Dubuque. Sokal, R.R. and F.J. Rohlf 1981. Biometry. W.H. Freeman and Co. New York. 859pp. |
|
| Βιοπαρακολούθηση χερσαίων φυσικών οικοσυστημάτων | Εισαγωγή στη βιοπαρακολούθηση, τύποι, ορισμοί. Ιστορική αναδρομή της βιοπαρακολούθησης σε παγκόσμια, ευρωπαϊκή, περιφερειακή, τοπική κλίμακα. Οικοσυστημικές λειτουργίες και υπηρεσίες. Αντοχή, ανθεκτικότητα και ανάπαλση οικοσυστήματος. Ποσοτικοποίηση καταπονήσεων, γενετικοί, οικολογικοί κ.α. δείκτες ανάπαλσης. Βιοπαρακολούθηση επιπέδων βιοποικιλότητας: γενετικής, ειδών, οικοσυστημάτων. Γενετική παρακολούθηση. Αρχές, μεθοδολογίες και εφαρμογές γενετικής παρακολούθησης. Κριτήρια, δείκτες και επιβεβαιωτές γενετικής παρακολούθησης, κρίσιμες τιμές, παραδείγματα. Παρακολούθηση ειδών, Δίκτυο Φύση 2000, παραδείγματα. Παρακολούθηση οικοσυστημάτων, τοπίων, μεθοδολογίες. Σχεδιασμός και εφαρμογή προγραμμάτων βιοπαρακολούθησης. Απαραίτητα στοιχεία προγραμμάτων βιοπαρακολούθησης. Συλλογή δεδομένων, ανάλυση. Τιμές αναφοράς, τιμές βάσης. Εξειδίκευση προγραμμάτων βιοπαρακολούθησης. Προοπτικές και αναδυόμενες προσεγγίσεις βιοπαρακολούθησης. | Εισαγωγή στη βιοπαρακολούθηση, τύποι, ορισμοί. Ιστορική αναδρομή της βιοπαρακολούθησης σε παγκόσμια, ευρωπαϊκή, περιφερειακή, τοπική κλίμακα. Οικοσυστημικές λειτουργίες και υπηρεσίες. Αντοχή, ανθεκτικότητα και ανάπαλση οικοσυστήματος. Ποσοτικοποίηση καταπονήσεων, γενετικοί, οικολογικοί κ.α. δείκτες ανάπαλσης. Βιοπαρακολούθηση επιπέδων βιοποικιλότητας: γενετικής, ειδών, οικοσυστημάτων. Γενετική παρακολούθηση. Αρχές, μεθοδολογίες και εφαρμογές γενετικής παρακολούθησης. Κριτήρια, δείκτες και επιβεβαιωτές γενετικής παρακολούθησης, κρίσιμες τιμές, παραδείγματα. Παρακολούθηση ειδών, Δίκτυο Φύση 2000, παραδείγματα. Παρακολούθηση οικοσυστημάτων, τοπίων, μεθοδολογίες. Σχεδιασμός και εφαρμογή προγραμμάτων βιοπαρακολούθησης. Απαραίτητα στοιχεία προγραμμάτων βιοπαρακολούθησης. Συλλογή δεδομένων, ανάλυση. Τιμές αναφοράς, τιμές βάσης. Εξειδίκευση προγραμμάτων βιοπαρακολούθησης. Προοπτικές και αναδυόμενες προσεγγίσεις βιοπαρακολούθησης.
Βιβλιογραφία Aravanopoulos FA 2011. Genetic monitoring in natural perennial plant populations. Botany 89: 75-81. Aravanopoulos FA 2016. Conservation and monitoring of tree genetic resources in temperate forests. Current Forestry Reports 2: 119-129. Aravanopoulos, et al. 2015. Development of genetic monitoring methods for genetic conservation units of forest trees in Europe. European Forest Genetic Resources Programme (EUFORGEN), Bioversity International, Rome, Italy, 62 pp. Kavaliauskas D, Fussi B, Westergren M, Aravanopoulos FA, et al. 2018. The interplay between forest management practices, genetic monitoring and other long-term monitoring systems. Forests 9: 133; doi:10.3390/f9030133. Fussi B, Westergren M, Aravanopoulos FA, et al. 2016. Forest genetic monitoring: an overview of concepts and definitions. Environmental Monitoring & Assessment 188(8): 493, DOI 10.1007/s10661-016-5489-7. |
|
| Κλιματική αλλαγή και Δασικά Οικοσυστήματα | Επίδραση κλιματικής αλλαγής στην εξέλιξη των δασικών πληθυσμών-γενετική παρακολούθηση- Προσαρμοστικότητα δασικών πληθυσμών στην κλιματική αλλαγή-δυνατότητες γενετικής βελτίωσης για ανθεκτικότητα. Επίδραση κλιματικής αλλαγής στην εξέλιξη των δασικών πληθυσμών, ανταπόκριση δασικών πληθυσμών-ανθεκτικότητα, προσαρμοστικότητα-προσαρμογή δασικών πληθυσμών στην κλιματική αλλαγή, σημασία πληθυσμών ύστερου ορίου εξάπλωσης, δυνατότητες και περιορισμοί γενετικής βελτίωσης για ανθεκτικότητα
Βιβλιογραφία Aravanopoulos FA 2018 (ed). Genetics and Genomics of Forest Trees, MDPI Press, Basel, Switzerland, pp. 332, ISBN 978-3-03897-298-3. Aravanopoulos FA & PG Alizoti 2018. Climate change impacts on the genetics of post-fire regeneration and reproductive phenology. In: Sijacic-Nikolic M, Milovanovic J & M Nonic (eds). Forests of Southeast Europe Under a Changing Climate: Conservation of Genetic Resources. Springer. |
||
| Αστικό και Περιαστικό Πράσινο | Επίδραση καταπονήσεων αστικού και περιαστικού χώρου, στο DNA, - Γενετική βελτίωση για ανθεκτικότητα στις καταπονήσεις αστικού και περιαστικού χώρου. Επίδραση καταπονήσεων αστικού και περιαστικού χώρου, στο DNA των δασικών ειδών. Γενετική βελτίωση για ανθεκτικότητα στις καταπονήσεις αστικού και περιαστικού χώρου. Η ανθεκτικότητα ως ποσοτικό γνώρισμα, μοριακή βάση. Μεθοδολογίες τεχνητής επιλογής, ειδικές δοκιμές απογόνων και κλώνων. Δημιουργία βελτιωμένου δασογενετικού υλικού στις καταπονήσεις αστικού και περιαστικού χώρου.
Βιβλιογραφία Αραβανόπουλος ΦΑ & Δ Μουλαλής 2000. Ειδικά θέματα γενετικής βελτίωσης των δασικών ειδών για ανθεκτικότητα στη ρύπανση του περιβάλλοντος. Γεωτεχνικά Επιστημονικά Θέματα 11(2): 103-112. Papagrigoraki LD & FA Aravanopoulos 2012. Breeding of fast growing tree species for stress tolerance in urban environments. In: Proc. Katsifarakis et al. (eds). Protection and Restoration of the Environment XI, Thessaloniki, DOI: 10.13140/RG.2.1.5167.4329, pp. 1087-1093. |
| Τίτλος Μαθήματος | Κωδικός | Περιεχόμενο Μαθήματος | Διαλέξεις 2013-2014 |
|---|---|---|---|
| Ποσοτική Γενετική & Γενετική Πληθυσμών | ΒΦ 705 | Θεωρία της γενετικής πληθυσμών. Οι έννοιες της συχνότητας γονιδίων . Παράγοντες που επηρεάζουν τη συχνότητα των γονιδίων και των ποσοτικών χαρακτήρων. Η γενετική διακύμανση και τα συστατικά της. Η ομομειξία και η ετέρωση. Η διακύμανση του περιβάλλοντος και η αλληλεπίδραση γενοτύπου και περιβάλλοντος. Πειραματικά σχέδια για την εκτίμηση των συστατικών της γενετικής διακύμανσης. Ανάλυση γονιδίων που ελέγχουν ποσοτικούς χαρακτήρες (QTL). | (1) Θεωρία της γενετικής πληθυσμών, (2) Οι έννοιες της συχνότητας γονιδίων, αλληλομόρφων, (3) Παράγοντες που επηρεάζουν τη συχνότητα των γονιδίων και των ποσοτικών γνωρισμάτων, (4) Πανμικτικό πρότυπο, ανάλυση παραδοχών, (5) Ανάλυση γονιδίων που ελέγχουν ποσοτικούς χαρακτήρες (QTL), (6) Χαρτογράφηση QTL, επιλογή υποβοηθούμενη από γονίδια σημάνσεως, (7) χαρτογράφηση συσχέτησης.
Βιβλιογραφία Aravanopoulos FA, 2014. Genomics of Trees. In: Ramawat KG, Merillon JM, Ahuja MR (eds). Tree Biotechnology, CRC Press, Boca Raton, USA, 656 pp., ISBN 9781466597143, pp. 514-557. Aravanopoulos FA, 2001. Analysis of genetic linkage and genome mapping. In: Tsaftaris AS & AN Polidoros (eds). Genome Sequencing and Comparative Analysis, University Studio Press, Thessaloniki, pp. 9-26. Aravanopoulos FA, Ganopoulos I & A Tsaftaris 2015. Population and conservation genomics in forest and fruit trees. Advances in Botanical Research 74: 125-156. |
| Τίτλος Μαθήματος | Κωδικός | Περιεχόμενο Μαθήματος | Διαλέξεις 2013-2014 |
|---|---|---|---|
| Γενετικοί Χάρτες & Χαρτογράφηση Γονιδίων Ποσοτικών Γνωρισμάτων | Μεταπτυχιακά Σεμινάρια | Χρήση γενετικών δεικτών. Είδη ποσοτικών γνωρισμάτων. Γενετικοί Χάρτες, Χαρτογράφηση Γονιδίων Ποσοτικών Γνωρισμάτων | Χρήση γενετικών δεικτών. Πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα μοριακών γενετικών δεικτών. Γενετικοί Χάρτες. Είδη ποσοτικών γνωρισμάτων, Γονίδια ποσοτικών γνωρισμάτων (QTL). Κλασσική χαρτογράφηση QTL και χαρτογράφηση συσχέτισης. Επιλογή υποβοηθούμενη από γονίδια σημάνσεως.
Βιβλιογραφία Aravanopoulos FA, 2014. Genomics of Trees. In: Ramawat KG, Merillon JM, Ahuja MR (eds). Tree Biotechnology, CRC Press, Boca Raton, USA, 656 pp., ISBN 9781466597143, pp. 514-557. Aravanopoulos FA, 2001. Analysis of genetic linkage and genome mapping. In: Tsaftaris AS & AN Polidoros (eds). Genome Sequencing and Comparative Analysis, University Studio Press, Thessaloniki, pp. 9-26. Aravanopoulos FA, Ganopoulos I & A Tsaftaris 2015. Population and conservation genomics in forest and fruit trees. Advances in Botanical Research 74: 125-156. |
| Τίτλος Μαθήματος | Κωδικός | Περιεχόμενο Μαθήματος | Διαλέξεις 2013-2014 |
|---|---|---|---|
| Plant Genetics | An introduction to plant genetics. Definitions, scope, aims. Genetics in Horticulture, Agriculture. The future is here: plant genomics. A brief history of genetics.The association of genetics and heredity; early and critical experiments in the development of genetics. Experimental derivation of the laws of inheritance / Mendelian Genetics. The chromosomal theory of inheritance. Chromosomes in the cytoplasm, The first notions of genomic imprinting and maternal effects. The unit of heredity, the nature of gene, fine gene structure, cistrons. Protein synthesis. Genes on the move: transposition effects and transposable elements. Maternal effects. Molecular markers and applications. Principles of population genetics and genetic diversity estimation. Evolution: a synthesis of forces. Linkage analysis and gene mapping Principles of QTL mapping, association mapping and MAS selection. Comparative mapping, Association mapping, Marker assisted selection (MAS), Marker assisted Breeding (MAB). Epigenetics. Genetic engineering. An introduction to genomics. Societal impact. | An introduction to plant genetics. Definitions, scope, aims. Genetics in Horticulture, Agriculture. The future is here: plant genomics. A brief history of genetics (Early history, The era of Mendel, Darwin and Wallace, The quest for the molecules of life: the era of Watson, Crick, Franklin, Wilkins et al., Post-genetics and contemporary problems). The association of genetics and heredity; early and critical experiments in the development of genetics (Mendel’s, Griffith’s, Avery et al., Hershey and Chase, Chargaff, Wilkins and Franklin, Watson and Crick). Experimental derivation of the laws of inheritance / Mendelian Genetics (Allelic interaction, Gene interaction). The chromosomal theory of inheritance (Cytogenetics, The chromosomal basis of mendelism, Chromosomal mutations, X-linked traits, Chromosomes in the cytoplasm, The first notions of genomic imprinting and maternal effects). The unit of heredity, the nature of gene, fine gene structure, cistrons (DNA structure and replication, The nature of the gene, Fine gene structure, cistrons, Transcription). Protein synthesis (Translation, Classical RNAs and more RNAs). Genes on the move: transposition effects and transposable elements (The discovery of transposition, Types of transposable elements, Classification and characteristics of retroelements). Maternal effects (Variegation, Inheritance, properties and effects of cpDNA, Inheritance, properties and effects of mtDNA, First signs of epigenetics). Molecular markers and applications (Biochemical markers, Hybridization-based markers, PRC-based markers, DNA sequencing, Molecular marker “scientific” and “technical” properties). Principles of population genetics and genetic diversity estimation (Introduction to population genetics, The panmictic model, Parameters of genetic diversity, structure and differentiation, Relaxation of the panmictic model- I: genetic drift, effective population size, Relaxation of the panmictic model- II: mutation, mutation types in a population genetics context, Relaxation of the panmictic model- III: migration, gene flow and mating systems, Relaxation of the panmictic model- IV: natural selection and selection schemes, Interactions and co-existence of evolutionary forces in a population). Evolution: a synthesis of forces. Linkage analysis and gene mapping (Marker linkage analysis and gene mapping, Mapping functions, interference, Map construction). Principles of QTL mapping, association mapping and MAS selection (Introduction, biometrical genetics, Models with one or two genes and two alleles, Dissection of quantitative variation in progenies, Positioning QTLs on genetic maps, QTL mapping: single marker analysis, QTL mapping: multiple regression methods, QTL mapping: interval mapping with maximum likelihood estimation, LOD scores, QTL mapping: selective genotyping, QTL mapping: problem solving, Comparative mapping, Association mapping, Marker assisted selection (MAS), Marker assisted Breeding (MAB)). Epigenetics (An overview of dynamic molecular memory, RNA effects, Histone modifications and re-modelling, DNA methylation, The epigenetic code and its consequences). Genetic engineering (Agrobacterium-mediated systems, Biolistic methods, State-of-the-art-approaches). An introduction to genomics (Structural genomics, Functional genomics, Applications is plant science, agriculture and horticulture). Societal impact (Genetics, genomics and society, Genomics and agriculture).
Βιβλιογραφία Aravanopoulos FA, 2014. Genomics of Trees. In: Ramawat KG, Merillon JM, Ahuja MR (eds). Tree Biotechnology, CRC Press, Boca Raton, USA, 656 pp., ISBN 9781466597143, pp. 514-557. Aravanopoulos FA, 2001. Analysis of genetic linkage and genome mapping. In: Tsaftaris AS & AN Polidoros (eds). Genome Sequencing and Comparative Analysis, University Studio Press, Thessaloniki, pp. 9-26. Aravanopoulos FA, Ganopoulos I & A Tsaftaris 2015. Population and conservation genomics in forest and fruit trees. Advances in Botanical Research 74: 125-156. Hartl D.L. and E.W. Jones 1998. Genetics: Principles and Analysis, 4th Edition, Jones and Bartlett Publ., Sudbury, MA. |